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在剧中的世界里，因为发生「第三次流砂现象」导致东京的一部分沉入泥泞下。为了快速重建复 甦，企业发明一种高出力强化外骨骼「Willware」方便施工；但是相反地，利用 Willware 的犯罪行为也日益增加……为了有效遏止 Willware 犯罪事件，有一群充满正义感又热血的少年少女警察，尽管被死板的法律条文与长官人情所束缚，却仍然愿意以无比的智慧…
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小兰的朋友原子家铃木财团准备展出他们家珍藏的沙皇尼古拉二世家的宝物——回忆之卵，回忆之卵里收藏了沙皇尼古拉二世一家的珍贵照片，由此特别珍贵。岂料在展出之前，却收到了怪盗基德的通知函，上面用迷语的方式列明他盗宝的时间。原子找到小兰的爸爸名侦探毛利小五郎帮忙，当然，真正的幕后高手柯南也会和小兰一起前来。柯南遇到了同为侦探的…
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堂本一辉是著名的钢琴演奏家，两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴，更斥资建造了堂本音乐厅，准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前，堂本音乐学院的学生相继死去，先是爆炸案，后是单个被杀。 园子带着柯南一行人来听排练，认识了女高音歌唱家秋庭怜子，拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险：润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气…
